wanghaisheng / OHDSI-Research

对OHDSI的研究
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官方网站—第三部分、Data Standardization #15

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数据标准化

对于协作式、大规模的研究分析而言,数据的标准化是至关重要的,也就是说所有数据是否拥有同样的格式

机构间的数据千差万别,数据采集的目的也各异,数据存储的格式也不同, 不同机构间所采用的术语也会导致同样的概念有不同的表达方式,

OHDSI采用OMOP CDM数据模型. 也提供了将各自的数据库转换成CDM的工具和资源,提供了基于CDM数据模型之上的数据分析工具

1、OMOP Common Data Model数据模型

统一的数据模型示意图 统一的数据模型是异构数据库进行系统分析的基础。 The Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP) CDM,已经演化到第5个版本。

2、CDM教程

3、术语资源

标准化术语是基础工具, OMOP 术语: http://omop.org/vocabularies 见下表

Domain Type Vocabulary Restricted
Demographic Standard terminology HL7 Administrative Sex
OMB Ethnicity
CDC Race
Drug Standard terminology RxNorm
WHO ATC
VA Class
NDF-RT
FDB ETC Yes
Mapped coding scheme Cerner Multum
NDC
FDA SPL
FDB Drug Product Yes
FDB Indication Yes
Medi-Span GPI Yes
Multilex Yes
NLM MeSH
VA Product
Condition Standard terminology, classification SNOMED-CT
MEDRA Yes
Mapped coding scheme ICD-10-CM
ICD-9-CM
OXMIS
Read
Procedure Standard classification SNOMED-CT
Standard terminology ICD-9-Procedure
HCPCS
CPT-4 Yes
Mapped coding scheme ICD-10-PCS
Cohort Analysis SMQ Yes
OMOP DOI
OMOP HOI
Observation Standard terminology, classification SNOMED-CT
LOINC
UCUM
Standard classification LOINC Multidimentional Classification
Provider Standard terminology NUCC
CMS Speciality
Visit Standard terminology OMOP Visit
CMS Place of Service
Cost Standard classification MDC
Standard terminology Revenue Code
DRG
APC
Concept Type Standard terminology OMOP Condition Occurance Type
OMOP Procedure Occurance Type
OMOP Observation Type
OMOP Drug Exposure Type
OMOP Death Type

Query vocabulary: http://vocabqueries.omop.org/

4、构建自己的CDM

前提条件:

步骤: