El presente proyecto tiene como objetivo analizar la influencia de los vuelos espaciales en la expresión genética de la retina murina, utilizando datos obtenidos de un experimento realizado por la NASA con ratones como organismo modelo, los cuales fueron expuestos al entorno espacial durante 35 días a bordo de la Estación Espacial Internacional (ISS). Se busca determinar si el entorno espacial induce daño oxidativo en la estructura ocular y caracterizar los perfiles de expresión genética de la retina expuesta al vuelo espacial, proporcionando información crucial sobre los efectos de las condiciones espaciales en la salud ocular.
En este contexto, se plantean dos principales preguntas de investigación prioritarias:
Para responder a esta pregunta, se realizará una anotación funcional de los genes regulados positivamente, con el objetivo de identificar los procesos biológicos alterados y comprender cómo estos cambios impactan la expresión genética en la retina.
Se llevará a cabo un análisis de sobrerrepresentación (ORA) para los genes regulados positivamente, lo cual permitirá identificar las vías y respuestas biológicas favorecidas como consecuencia de la exposición a las condiciones espaciales.
Además, se explorarán dos preguntas adicionales que complementan y enriquecen el enfoque del proyecto:
Esta pregunta permitirá evaluar si los genes vinculados con la retinitis pigmentosa se ven afectados por el entorno espacial, lo cual podría proporcionar nuevas perspectivas sobre la progresión de la enfermedad en este tipo de ambiente.
Dado que de los 600 genes expresados diferencialmente (DEG), 29 son factores de transcripción, esta pregunta busca identificar cuáles de estos DETF están regulados positivamente y cómo podrían influir en la regulación general de la expresión genética en la retina bajo condiciones espaciales.
Estas preguntas de investigación contribuirán a comprender las adaptaciones de la retina murina frente a los desafíos del entorno espacial, con especial énfasis en los genes regulados positivamente y sus funciones biológicas.
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El script incluye un conjunto de pruebas unitarias. Puede ejecutar estas pruebas con:
Los datos utilizados para este proyecto fueron obtenidos del noveno experimento de investigación de roedores de la NASA (RR-9), en el cual se llevaron ratones macho adultos C57BL/6 de diez semanas a bordo de la ISS durante 35 días y regresaron vivos a la Tierra, horas después a su amerizaje se recogieron tejidos oculares de los ratones para su análisis. Además se utilizaron ratones de control en tierra con condiciones ambientales idénticas.
Utilizando RNA sequencing se detectaron 600 genes expresados diferencialmente (DEGs) entre los grupos de vuelo espacial y control terrestre utilizando DESeq2. Dentro de los DEGs encontrados, se obtuvo que el grupo de vuelo espacial tuvo 286 genes regulados positivamente y 314 genes regulados negativamente en comparación con el control terrestre. Además se encontraron 75 genes asociados con la retinitis pigmentosa de los cuales se obtuvieron 12 que se expresaban de forma diferencial, siendo un resultado relevante para analizar esta enfermedad asociada a la retina.
Los conjuntos de datos generados y analizados durante el estudio están disponibles en el repositorio GEO, bajo el identificador de acceso GSE131954.
Los datos de entrada fueron descargados desde NCBI
Versión/Identificador Adhesión GEO: GSE131954
Fecha de descarga: 25/09/2024
| Archivo | Descripción | Tipo |
|---|---|---|
| GSE131954_DESeq2_RR9_Ground_Ctrl_vs_Flight_DEGs.txt | Medidas de abundancia normalizada específicas para los genes diferencialmente expresados (DEGs) de los ratones espaciales | Formato tsv |
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