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yeastgenome / AGAPE

AGAPE (Automated Genome Analysis PipelinE) for yeast pan-genome analysis
3 stars 9 forks source link

Not able to install #5

Open trinidadmartin opened 5 years ago

trinidadmartin commented 5 years ago

Hello!!! Thanks for the tool! I am trying to install it and it fails in the first step, make.... macbook pro 16gb ram, i7, macOS Mojave

_Gaiella:AGAPE-master tmartinc$ cd src Gaiella:src tmartinc$ make ---clean--- cd lastz/src; make clean rm -f .o rm -f lastz rm -f lastz_D rm -f ../test_results/base_test.* rm -rf bin ---bindir--- mkdir -p bin ---build_lastz--- cd lastz/src; make lastz gcc -c -O3 -Wall -Wextra -Werror -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DVERSION_MAJOR="\"1"\" -DVERSION_MINOR="\"03"\" -DVERSION_SUBMINOR="\"02"\" -DREVISION_DATE="\"20110719"\" -DSUBVERSION_REV="\"1567:1570"\" -Dscore_type=\'I\' lastz.c -o lastz.o gcc -c -O3 -Wall -Wextra -Werror -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DVERSION_MAJOR="\"1"\" -DVERSION_MINOR="\"03"\" -DVERSION_SUBMINOR="\"02"\" -DREVISION_DATE="\"20110719"\" -DSUBVERSION_REV="\"1567:1570"\" -Dscore_type=\'I\' infer_scores.c -o infer_scores.o gcc -c -O3 -Wall -Wextra -Werror -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DVERSION_MAJOR="\"1"\" -DVERSION_MINOR="\"03"\" -DVERSION_SUBMINOR="\"02"\" -DREVISION_DATE="\"20110719"\" -DSUBVERSION_REV="\"1567:1570"\" -Dscore_type=\'I\' seeds.c -o seeds.o gcc -c -O3 -Wall -Wextra -Werror -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DVERSION_MAJOR="\"1"\" -DVERSION_MINOR="\"03"\" -DVERSION_SUBMINOR="\"02"\" -DREVISION_DATE="\"20110719"\" -DSUBVERSION_REV="\"1567:1570"\" -Dscore_type=\'I\' pos_table.c -o pos_table.o gcc -c -O3 -Wall -Wextra -Werror -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DVERSION_MAJOR="\"1"\" -DVERSION_MINOR="\"03"\" -DVERSION_SUBMINOR="\"02"\" -DREVISION_DATE="\"20110719"\" -DSUBVERSION_REV="\"1567:1570"\" -Dscore_type=\'I\' quantum.c -o quantum.o gcc -c -O3 -Wall -Wextra -Werror -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DVERSION_MAJOR="\"1"\" -DVERSION_MINOR="\"03"\" -DVERSION_SUBMINOR="\"02"\" -DREVISION_DATE="\"20110719"\" -DSUBVERSION_REV="\"1567:1570"\" -Dscore_type=\'I\' seed_search.c -o seed_search.o gcc -c -O3 -Wall -Wextra -Werror -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DVERSION_MAJOR="\"1"\" -DVERSION_MINOR="\"03"\" -DVERSION_SUBMINOR="\"02"\" -DREVISION_DATE="\"20110719"\" -DSUBVERSION_REV="\"1567:1570"\" -Dscore_type=\'I\' diag_hash.c -o diag_hash.o gcc -c -O3 -Wall -Wextra -Werror -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DVERSION_MAJOR="\"1"\" -DVERSION_MINOR="\"03"\" -DVERSION_SUBMINOR="\"02"\" -DREVISION_DATE="\"20110719"\" -DSUBVERSION_REV="\"1567:1570"\" -Dscore_type=\'I\' chain.c -o chain.o gcc -c -O3 -Wall -Wextra -Werror -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DVERSION_MAJOR="\"1"\" -DVERSION_MINOR="\"03"\" -DVERSION_SUBMINOR="\"02"\" -DREVISION_DATE="\"20110719"\" -DSUBVERSION_REV="\"1567:1570"\" -Dscore_type=\'I\' gapped_extend.c -o gapped_extend.o gcc -c -O3 -Wall -Wextra -Werror -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DVERSION_MAJOR="\"1"\" -DVERSION_MINOR="\"03"\" -DVERSION_SUBMINOR="\"02"\" -DREVISION_DATE="\"20110719"\" -DSUBVERSION_REV="\"1567:1570"\" -Dscore_type=\'I\' tweener.c -o tweener.o gcc -c -O3 -Wall -Wextra -Werror -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DVERSION_MAJOR="\"1"\" -DVERSION_MINOR="\"03"\" -DVERSION_SUBMINOR="\"02"\" -DREVISION_DATE="\"20110719"\" -DSUBVERSION_REV="\"1567:1570"\" -Dscore_type=\'I\' masking.c -o masking.o gcc -c -O3 -Wall -Wextra -Werror -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -DVERSION_MAJOR="\"1"\" -DVERSION_MINOR="\"03"\" -DVERSION_SUBMINOR="\"02"\" -DREVISION_DATE="\"20110719"\" -DSUBVERSION_REV="\"1567:1570"\" -Dscore_type=\'I\' segment.c -o segment.o segment.c:1584:10: error: comparison of array 'st->seg' equal to a null pointer is always false [-Werror,-Wtautological-pointer-compare] if (st->seg == NULL) return;


1 error generated.
make[1]: *** [segment.o] Error 1
make: *** [build_lastz] Error 2_

Thanks!!!
Trini