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yourh / DeepGraphGO

DeepGraphGO: graph neural network for large-scale, multispecies protein function prediction
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关于ppi_mat.npz和ppi_pid_list.txt之间的关联关系 #4

Closed liutong19991016 closed 3 years ago

liutong19991016 commented 3 years ago

您好，通过您的源代码我发现DeepGraphGO整个蛋白质网络是通过ppi_mat.npz构建出来的，但是ppi_pid_list.txt文件里面只列举出了实验中所有的蛋白质名称，除此之外暂未发现其他可以表明蛋白质相互作用的文件，因此无法将ppi_pid_list.txt中的蛋白质名称与ppi_mat.npz中的数据联系起来。我大胆猜测ppi_mat.npz中的每一行代表一种蛋白质，并且顺序与ppi_pid_list.txt中的蛋白质名称相对应，不知道是不是这样的呢？ 非常抱歉打扰到您，希望您能稍微解答一下我的疑问，感谢！

yourh commented 3 years ago

是你理解的这样的，ppi_mat.npz和ppi_pid_list.txt的顺序是一致的

liutong19991016 commented 3 years ago

非常感谢您的回复！